Klášter založil roku 1155 vévoda Jindřich II. Babenberský. Založení kláštera přineslo vladaři i schopné úředníky. V klášteře byla knihovna, nemocnice, a kromě řemeslníků, se zde vzdělávali duchovní pro bohoslužby v novém sídle a také odborníky, kteří byli později rektory, děkany a profesory na Vídeňské univerzitě.
Muzeum ve Skotském klášteře bylo instalováno v letech 1994–1996 a naposledy obnoveno v letech 2004–2005.
Pohřby:
- Anežka Babenberská
- Jindřich II. Babenberský
- Theodora Komnenovna
